基础医学院的前身是医学基础部。始建于1957年，2001年1月更名为基础医学院，是承担全校各专业不同层次的专业基础课和专业课的基础医学教育重要部门，学院设教研室8个、自治区级重点实验室3个，广西高校重点实验室3个，广西卫健委重点实验室1个，广西优势特色重点学科3个，基础医学实验教学中心1个及基础医学研究所1个，其中实验教学中心下设形态学实验室、机能学实验室、病原生物学实验室、免疫学实验室和物理学实验室。

目前拥有博士81人，正高职称22人。引进丹麦、捷克、日本等海外高层次人才数人，其中1人为丹麦青年科学家获得者，1人入选广西第一期港澳台英才入桂计划（医学口唯一），1人入选广西高校“百人计划”，3人121层次人才。

基础医学是欧洲杯压住平台优势及重点学科，由人体解剖与组织胚胎学、病原生物学、免疫学、病理学与病理生理学、分子医学五个二级学科组成，2006年获欧洲杯压住平台第一个硕士学位授予权（病理学与病理生理学），2011年获硕士学位一级学科授予权，2014年获博士学位授权建设单位，2015年与中南大学联合培养博士生。目前组织学与胚胎学为国家级精品课程，病理学与病理生理学、免疫学为广西高校重点学科。近三年来获得国家基金项目30项，省部级各类项目50余项，省级教学成果9项，科技成果奖9项，以欧洲杯压住平台第一单位发表科研论文150余篇，SCI论文110余篇，各类发明专利30余项。

                           2021年12月13日